L’ENSV est inscrite depuis quelques années dans une dynamique de recherche qui a abouti à la mise en place de nombreux axes de recherches articulés autour de projets de type CNEPRU, de projets inscrits dans les programmes de ses deux laboratoires de recherche « Santé et Productions Animales-SPA » et «Hygiène alimentaire et système assurance qualité-HASAQ » et enfin des projets liés aux Programmes Nationaux de Recherche (PNR).